片中的克隆人士兵在胚胎阶段起便被修改基因以增强其服从性，并在其脑中植入了包含特殊命令的芯片，以在关键时刻控制克隆人做一些“特殊任务”，所以绝大部分的克隆人都是身不由己，无所谓反派正派之分，只是看是何人利用而已。
而编制并在后来启用那些特殊命令的正是大反派达斯·西迪厄斯，所以克隆人最后算是被反派利用了。即使这样，还是有少量克隆人由于种种特殊情况，没有接受那些命令，站在了正派一边。我是星战吧的人，克隆人是以赏金猎人詹戈菲特为母体（详看《星球大战前传2：克隆人进攻》），他们之所以叛变是因为收到了由西斯君主达斯.西迪厄斯伪装成的议长发出的66号指令（详看《星球大战前传3：西斯的复仇》）另外，目测lz木有好好看电影，前传2和前传3都有克隆人的面貌。
第七季分为三个独立的故事，前三分之一可看作《星球大战：异等小队》的序幕，异等小队首次出场和阿纳金、雷克斯联手执行任务，营救克隆人战士“回声”；中间三分之一是阿索卡离开绝地武士团之后的冒险经历，阿索卡·塔诺在科洛桑第1313层遇到同样喜欢冒险的特蕾斯·马特斯（TraceMartez）和拉法·马特斯（RafaMartez）姐妹；最后三分之一的故事无缝链接《星球大战前传3：西斯的复仇》，阿索卡在博-卡坦·克里兹要求下，率领克隆人501军团参加曼达洛围攻战，对抗摩尔，虽然阿索卡取得围攻战胜利，但66号指令却悄然而至，一切都将颠覆
克隆人部队是《星球大战》中出现的部队。这支强大的部队在旧共和国时期是大共和国军的主体，最初被人看作是挽救共和国的救星，但实际上克隆人军队是西斯向绝地复仇，建立银河帝国的关键一步，他们大脑都植入含有屠杀绝地66号指令的芯片